Od 2012 r. - zgodnie z ustawą refundacyjną - apteki, które chcą sprzedawać leki finansowane przez państwo, muszą podpisać umowę z NFZ. W przeciwnym wypadku nie otrzymają zwrotu kwoty refundacji.

Apteki muszą wywiesić kartki lub naklejki z informacją dla pacjentów dotyczącą możliwości realizacji recept refundowanych. Ich wzór jest dostępny na stronie internetowej NFZ. Po wejściu w życie ustawy refundacyjnej apteki nie mogą się reklamować i prowadzić promocji leków refundowanych. Ich ceny i marże są od 1 stycznia stałe.

Nowe przepisy zakazują stosowania zachęt dotyczących leków refundowanych, kierowanych od pacjentów i lekarzy np. darowizn dla szpitali, upominków, loterii i prezentów oraz programów lojalnościowych.

Na stronach NFZ opublikowano komunikat z wytycznymi dla aptek, które zawarły umowę z Narodowym Funduszem Zdrowia. Zgodnie z komunikatem jeśli na recepcie znajdzie się pieczątka "Refundacja do decyzji NFZ", apteka ją zrealizuje. W przypadku leku, które posiadają tylko jeden stopień odpłatności, aptekarze mają nanieść zmiany, wpisując odpłatność wynikającą z listy refundacyjnej. Aptekarz powinien zamieścić wówczas na rewersie recepty odpowiednią adnotację oraz swój podpis. Jeśli lek występuje na liście refundacyjnej w kilku poziomach odpłatności, zostanie wydany pacjentowi za najwyższą odpłatnością.

NFZ zapewnił także aptekarzy, że będzie finansował recepty z pieczątką: "Refundacja do decyzji NFZ", jeśli będą one zgodne z rozporządzeniami Ministra Zdrowia w sprawie sprawie recept.