Przyczyną zablokowania realizacji programu (zatwierdzonego w 2008 r.) był brak porozumienia między Polską, Litwą i Rosją w sprawie procedury wyboru i audytu projektów, wobec czego Komisja Europejska mogła zdecydować o jego zamknięciu.

Tymczasem z programu o budżecie 176 mln euro mogą być budowane w obszarze transgranicznym drogi, remontowane budynki użyteczności publicznej, realizowane inwestycje turystyczne, ochrony środowiska i energii odnawialnej. W ramach programu może być też realizowana wymiana młodzieży i programy kulturalne. W projektach muszą uczestniczyć co najmniej dwa kraje.

Na finansowanie programu złożyły się Polska (59 mln euro przeznaczonych na ten cel z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego), Litwa (18 mln euro, także z EFRR), Komisja Europejska (55 mln euro) oraz Rosja (44 mln euro z budżetu państwa).

Do tej pory przeprowadzono jeden nabór projektów, wpłynęło 190 wniosków na kwotę przekraczającą 250 mln euro. Ponad połowa wniosków pochodzi z Polski, po ok. 25 proc. złożyły Litwa i Rosja.

Wnioski oceniali niezależni eksperci; jednak reprezentanci trzech krajów zasiadający we Wspólnym Komitecie Monitorującym programu nie doszli do porozumienia, które projekty należy ostatecznie zatwierdzić do dofinansowania.

Litwini i Rosjanie domagali się przeprowadzenia kolejnej oceny wniosków, ale tym razem na poziomie rządowym. Ponadto Rosja domagała się umożliwienia swoim audytorom kontrolowania projektów na terenie Polski; Litwa wskazywała natomiast, że nie dość sprawnie działa polskie MRR, jako instytucja zarządzająca programem.