Pojęcie, którym obecnie posługują się wszyscy w klasyfikowaniu żywności jako funkcjonalnej, zostało wypracowane w 1999 r. w wyniku programu badawczego Functional Food Science in Europe (FUFOSE) realizowanego przez Komisję Europejską.

Zgodnie z tym "żywność może być uznana za funkcjonalną, jeśli udowodniono jej korzystny wpływ na jedną lub więcej funkcji organizmu ponad efekt odżywczy, który to wpływ polega na poprawie: stanu zdrowia, samopoczucia i/lub zmniejszaniu ryzyka chorób. Żywność ta musi przypominać postacią żywność konwencjonalną i wykazywać korzystne oddziaływanie w ilościach, które oczekuje się, że będą normalnie spożywane z dietą - przy czym nie są to tabletki ani kapsułki ".

Brak jednoznacznej definicji żywności funkcjonalnej w rozumieniu prawnym powoduje, że wyszczególnienie poszczególnych jej kategorii budzi pewne wątpliwości wśród praktyków na co dzień zajmujących się bezpieczeństwem żywności.

Chodzi tu np. o produkty dla niemowląt i małych dzieci, które od stycznia 2012 r. zostały wykreślone z listy leków refundowanych.

I tak - zdaniem dra Jacka Postulskiego z Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego - PZH, produkty dla niemowląt i małych dzieci nie do końca odpowiadają definicji żywności funkcjonalnej, ponieważ ich rolą jest funkcja wyłącznie żywieniowa.

- Brak jest tutaj wpływu prozdrowotnego na inne funkcje organizmu. Podobne wątpliwości budzić mogą produkty dla osób ze schorzeniami metabolicznymi, gdyż żywienie osób z nietolerancją glutenu lub laktozy polega na dostarczaniu tej grupie populacji właściwej i możliwie urozmaiconej diety, nie z możliwości dodatkowego zdrowotnego wpływu na organizm. Produkty dla sportowców mieszczą się w tej kategorii pod warunkiem, że występują w formie tradycyjnej, czyli np. napoju, nie zaś specjalnych koncentratów żywieniowych w formie proszków, tabletek, granulatów, które nie mają nic wspólnego z konwencjonalną żywnością - komentuje dr Jacek Postupolski.

Skoro żywność funkcjonalna musi przypominać postacią żywność konwencjonalną i jako taka jest spożywana, stosuje się do niej przede wszystkim ogólne przepisy prawa żywnościowego. Funkcjonalność żywności powinna być jednak udokumentowana i poparta wynikami badań naukowych oraz zostać zweryfikowana i zatwierdzona przez Europejski Urząd ds. Bezpieczeństwa Żywności (EFSA).