Dotychczas Wojciech Kędzia był dyrektorem oddziału KOWR w Bydgoszczy.

Obecnie kierownictwo KOWR składa się z trzech osób. Obowiązki szefa tej instytucji pełni od 6 marca Grzegorz Pięta, który zmienił na tym stanowisku Piotra Serafina, który złożył rezygnację.

Zastępcą dyrektora generalnego KOWR jest od lipca 2018 r. Monika Tyska. Odpowiada ona za Departament Wsparcia Eksportu, Departament Rozwoju Rynku i Departament Wspierania Konsumpcji. Obowiązki zastępcy dyrektora generalnego KOWR od sierpnia 2018 r. pełni też Anna Dorota Gut, która odpowiada za Departament Interwencji Rynkowych.

KOWR powstał 1 września 2017 roku, przejmując zadania Agencji Nieruchomości Rolnych (ANR) i część zadań Agencji Rynku Rolnego (ARR).

W biurze Krajowego Ośrodka wydzielono piony: innowacji i rozwoju; gospodarowania nieruchomościami; rynków rolnych; nadzoru nad spółkami; finansowo-administracyjny; operacyjny. KOWR ma też 17 oddziałów terenowych - po jednym w każdy województwie i dwa oddziały w województwie zachodnio-pomorskim.